レシピファイル (YAML)

Recipe File Reference

FBTK の Builder は、システムの構成を記述した YAML 形式のレシピファイルを読み込むことができます。

システム設定 (system)

系全体のグローバルな設定を行います。

キー	型	説明
density	float	ターゲット密度 (g/cm³)。
cell_shape	list[3]	[オプション] 明示的な箱のサイズ [Lx, Ly, Lz] (Å)。

---

コンポーネント設定 (components)

系を構成する分子やポリマーのリストです。

共通項目

キー	型	説明
name	string	コンポーネントの識別名。
role	enum	molecule, polymer のいずれか。
input	nested	入力ソースの設定。以下の項目を子要素に持ちます。
count	int	[molecule のみ] 配置する個数。

入力ソース (input)

キー	型	説明
smiles	string	SMILES 文字列。重合点として * を含めることができます。
file	string	構造ファイル（.mol / .mol2）へのパス。

ポリマーパラメータ (polymer_params)

role: polymer の場合に必須となる設定です。

キー	型	説明
degree	int	重合度。
n_chains	int	鎖の数。
head_index	int	[オプション] 結合点（頭）の原子インデックス。
tail_index	int	[オプション] 結合点（尾）の原子インデックス。

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設定例

system:
  density: 0.9
components:
  - name: "PS"
    role: "polymer"
    input:
      smiles: "*C(C*)c1ccccc1"
    polymer_params:
      degree: 10
      n_chains: 50
  - name: "Toluene"
    role: "molecule"
    count: 100
    input:
      file: "toluene.mol"