コマンドラインツール (CLI)

Command Line Interface

FBTK は、Python をインストールすることなくシェルから直接操作できる、スタティックビルドされた高速なバイナリツールを提供しています。

インストール (Standalone Binary)

Python ライブラリとは別に、主要なプラットフォーム（Linux / macOS / Windows）向けの実行ファイルを GitHub Releases ページで配布しています。

# 例: Linux 向けバイナリ (v0.9.8) をダウンロードして配置
wget https://github.com/ForblazeProject/fbtk/releases/download/v0.9.8/fbtk-cli-v0.9.8-linux-x86_64.tar.gz
tar -xzf fbtk-cli-v0.9.8-linux-x86_64.tar.gz
cd fbtk-cli-v0.9.8-linux-x86_64
chmod +x fbtk-build fbtk-analyze
mv fbtk-build fbtk-analyze ~/bin/  # パスの通った場所へ

提供されるコマンド

FBTK はデフォルトで 4 スレッド で並列実行されます。

fbtk-build: レシピからの系構築

YAML レシピファイルに基づいて、分子系をパッキングし構造を書き出します。注意: --recipe (または -r) フラグによるレシピ指定が必須です。

# 基本的な使い方 (フラグ指定が必須)
fbtk-build --recipe recipe.yaml --output system.mol2

# 構築後に構造緩和 (Relaxation) を実行
fbtk-build --recipe recipe.yaml --relax --output relaxed.mol2

# スレッド数を指定して実行
fbtk-build --recipe recipe.yaml --threads 8 --output system.mol2

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fbtk-analyze: 高速解析パイプライン

LAMMPS または GROMACS のトラジェクトリファイルを読み込み、指定した原子群の解析を行います。

入力形式の自動判別

入力ファイルが .gro 拡張子の場合は GROMACS 形式として読み込まれ、それ以外はすべて LAMMPS dump 形式として処理されます。

動径分布関数 (RDF) の計算

# LAMMPS dump ファイルの解析 (Type指定)
fbtk-analyze rdf traj.dump --query "type 1 with type 2" --output rdf.dat

# GROMACS gro ファイルの解析 (元素指定)
# ※ .gro の原子名から元素（O, H, Cl 等）が自動推測されます
fbtk-analyze rdf trajectory.gro --query "element O with element H" --output rdf_gro.dat

平均二乗変位 (MSD) の計算

# 特定の元素群の拡散を解析 (dt=1000 fs)
fbtk-analyze msd trajectory.gro --query "element C" --dt 1000.0 --output msd.dat

高精度出力と SMILES サポートの強化

最新の CLI ツールでは、エンジンコアの改善により以下の機能が強化されています。

• マルチフレーム GROMACS 対応: 単一の .gro ファイルに複数のフレームが含まれるマルチフレーム形式をネイティブサポートしました。
• MOL2 ファイルの高度化: 座標と電荷の出力精度が小数点以下 6 桁に向上しました。また、レシピで指定した成分名が残基名として出力され、個々の分子にはユニークな残基 ID が自動割り当てされるため、可視化ソフトでの解析が容易です。
• イオンの正確な構築: SMILES パーサーの改善により、[NH4+] や [O-] といった電荷を持つ原子の水素数や原子価が正確に処理されます。
• 後段ツールとの互換性: 出力される MOL2 ファイルは、OpenFF や GROMACS などの標準的なシミュレーションパイプラインへそのまま投入可能な品質を維持しています。

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環境変数による並列数制御

Python 版と同様に、環境変数 RAYON_NUM_THREADS を使ってスレッド数を一括制御できます。

export RAYON_NUM_THREADS=16
fbtk-build --recipe recipe.yaml --output system.mol2