コマンドラインツール (CLI)

Command Line Interface

FBTK は、Python をインストールすることなくシェルから直接操作できる、スタティックビルドされた高速なバイナリツールを提供しています。

インストール (Standalone Binary)

Python ライブラリとは別に、主要なプラットフォーム（Linux / macOS / Windows）向けの実行ファイルを GitHub Releases ページで配布しています。

# 例: Linux 向けバイナリ (v0.9.1) をダウンロードして配置
wget https://github.com/ForblazeProject/fbtk/releases/download/v0.9.1/fbtk-cli-v0.9.1-linux-x86_64.tar.gz
tar -xzf fbtk-cli-v0.9.1-linux-x86_64.tar.gz
cd fbtk-cli-v0.9.1-linux-x86_64
chmod +x fbtk-build fbtk-analyze
mv fbtk-build fbtk-analyze ~/bin/  # パスの通った場所へ

提供されるコマンド

FBTK はデフォルトで 4 スレッド で並列実行されます。

YAML レシピファイルに基づいて、分子系をパッキングし構造を書き出します。

# 基本的な使い方
fbtk-build --recipe recipe.yaml --output system.mol2

# 構築後に構造緩和 (Relaxation) を実行
fbtk-build --recipe recipe.yaml --relax --output relaxed.mol2

# スレッド数を指定して実行
fbtk-build --recipe recipe.yaml --threads 8 --output system.mol2

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fbtk-analyze: 高速解析パイプライン

LAMMPS の dump ファイルを読み込み、指定した原子群の解析を行います。

動径分布関数 (RDF) の計算

# Type 1 と Type 2 の間の相関を計算
fbtk-analyze rdf traj.dump --query "type 1 with type 2" --output rdf.dat

# 原子 ID 指定での解析
fbtk-analyze rdf traj.dump --query "index 1 to 100 with type 3" --rmax 15.0

平均二乗変位 (MSD) の計算

# Type 1 の原子群の拡散を解析 (dt=1000 fs)
fbtk-analyze msd traj.dump --query "type 1" --dt 1000.0 --output msd.dat

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環境変数による並列数制御

Python 版と同様に、環境変数 RAYON_NUM_THREADS を使ってスレッド数を一括制御できます。

export RAYON_NUM_THREADS=16
fbtk-build --recipe recipe.yaml --output system.mol2