クイックスタート

Quickstart

SMILESからのクイック構築フロー

import fbtk

# 1. 分子の定義
ethanol = fbtk.Molecule.from_smiles("CCO", name="Ethanol")

# 2. システムの構築
builder = fbtk.Builder(density=0.789) # 密度(g/cm3)で指定
builder.add_molecule(ethanol, count=200)
system = builder.build()

# 3. 初期緩和 (重なりの解消)
system.relax() # 1000 steps (default)

# 4. 結果の保存 (.mol2 形式はユニットセル情報を保持します)
system.to_file("initial.mol2")

# (オプション) ASE Atoms オブジェクトへの変換
# atoms = system.to_ase()
# atoms.write("initial.data", format="lammps-data")

基本概念

Molecule

分子のトポロジと座標のテンプレートです。SMILES や RDKit オブジェクトから作成でき、低分子だけでなく、高分子（Polymer）の構成単位としても扱われます。

Builder

系を構築するための「レシピ」を管理します。

System

構築された実際の原子配置です。緩和 (relax) や to_ase() による変換が可能です。